L'Yonne ouvre par le nord les portes de la Bourgogne vineuse; elle comprend les vignobles de Chablis, de l'Auxerrois et du Tonnerrois.
Après le ravage du phylloxéra, le vignoble de l'Yonne a considérablement diminué de surface pour couvrir actuellement environ 5000 hectares. Son sol calcaire kimméridgien, composé de coquillages fossilisés déposés par sédimentation lorsque l'océan recouvrait le continent, à favorisé l'implantation du chardonnay;

l'Yonne produit des vins blancs et des vins rouges, principalement issus des cépages pinot noir et chardonnay.
Les appellations de l'Yonne sont Chablis Grand Cru, Chablis, Petit Chablis, Saint-Bris, Irancy, et des appellations "semi-régionales" : Bourgogne Côte Saint-Jacques, Bourgogne Chitry, Bourgogne Coulanges-la-Vineuse, Bourgogne Epineuil, Bourgogne Côte d'Auxerre, Bourgogne Vézelay.